Aunque la Universidad de Huelva se creó el 1 de julio de 1993, ya entonces la provincia onubense contaba con una larga tradición de estudios de enseñanza superior o asimilada regidos por la Universidad de Sevilla y luego integrados en ella. Acudiendo a los primeros antecedentes, debe citarse la fundación en 1859 de la Escuela Normal y, en 1901, de la Escuela de Minas, centros de enseñanza que, con el paso de los años y a través de diversas transformaciones normativas, se convertirían en el germen de la educación universitaria en la provincia. A ellos, en 1972, se uniría el Colegio Universitario de La Rábida (CUR), centro adscrito a la Universidad de Sevilla que impartía las titulaciones de Ciencias Empresariales, Geografía e Historia y, con posterioridad, Derecho. En La Rábida, aunque no perteneciente al CUR, sino como Sección de la Facultad de Química de la Hispalense, se impartía desde 1980 la titulación de Geología. No debe olvidarse, además, el acompañamiento desde 1943 de la Universidad Hispanoamericana de La Rábida, especializada en cursos de verano y que en 1994 se convirtió en una de las primeras sedes de la Universidad Internacional de Andalucía, y, desde 1977, del centro asociado de la UNED en Huelva.
El impulso definitivo, no obstante, para iniciar el proceso que culminaría en la creación de la Universidad de Huelva no se daría hasta 1983, año en el que el Decreto Ley 2079/1983, después de algunas huelgas de profesorado y estudiantes, integró oficialmente en la Universidad de Sevilla las enseñanzas impartidas en el CUR, hasta entonces sostenidas por un patronato. Desde ese momento, una serie de movilizaciones sociales cada vez más frecuentes e intensas comenzaron a reclamar el afianzamiento de los estudios universitarios en Huelva y la creación de tres facultades independientes, movimiento social que culminó en la masiva manifestación del 3 de marzo de 1988, que supuso la demostración de que la capital y provincia de Huelva no concebían el desarrollo y progreso de su sociedad sin la contribución decisiva de la educación superior. Por ese motivo, la fecha del 3 de marzo es celebrada anualmente como Día de la Universidad de Huelva.
Con la aprobación de las primeras facultades (Ciencias Experimentales y Ciencias Sociales y Jurídicas, de la que nació luego la de Humanidades y Ciencias de la Educación) y con la creación en la Universidad de Sevilla de un Vicerrectorado de los Centros Universitarios de Huelva se pusieron los cimientos sobre los que se fundaría al cabo de unos años la Universidad Onubense. En 1993, por fin, con la Ley andaluza 4/1993 de 1 de julio, el Consejo de Gobierno de la Junta de Andalucía, a instancias del Parlamento de Andalucía, aprobó la creación de la Universidad de Huelva, junto con la de Almería y Jaén, y creó las bases de lo que sería más tarde un sistema público universitario andaluz compuesto de diez universidades.
Según su Ley de creación, la Universidad de Huelva se constituye como un “instrumento de transformación social, que oriente y lidere el desarrollo económico y cultural de la sociedad onubense, proporcionándole los profesionales adecuados a través de las enseñanzas que mejor respondan a su perfil industrial, histórico y cultural”. Desde entonces, la Universidad de Huelva ha formado a cerca de 50.000 egresados que se han incorporado a la sociedad, aportando sus conocimientos y favoreciendo su desarrollo. Esto supone, en palabras de María Antonia Peña Guerrero, actual rectora de la Onubense, “que en una provincia que supera levemente los 500.000 habitantes, pocas familias queden hoy ajenas a la influencia benéfica ejercida por la institución universitaria; de todas las revoluciones culturales, en el amplio sentido de la palabra, que ha registrado nuestra sociedad en su historia reciente, esta es sin duda la mayor".
Desde 1993 hasta la actualidad, la Universidad de Huelva ha construido modernas infraestructuras dotacionales que permiten que cuente con cuatro campus y una amplia oferta académica, concretada en 30 titulaciones de grado más 9 dobles, 36 másteres oficiales más cuatro dobles y 11 programas de doctorado. Estos estudios son impartidos en nueve centros: la Escuela Técnica Superior de Ingeniería y las Facultades de Educación, Psicología y Ciencias del Deporte, Enfermería, Ciencias del Trabajo, Ciencias Empresariales y Turismo, Ciencias Experimentales, Derecho, Humanidades y Trabajo Social. La investigación, otra de las prioridades de la Universidad de Huelva, es desarrollada por 95 grupos y 8 centros de investigación.
La generación y transmisión del conocimiento científico, técnico y humanístico, la capacitación profesional, el apoyo al desarrollo de Huelva y su provincia, así como la extensión de la cultura universitaria, son las principales funciones en las que se fundamenta la Universidad de Huelva. Su actividad está basada en la libertad de cátedra e investigación y en un compromiso ético por el servicio público y por la construcción de una sociedad cada vez más igualitaria, justa y solidaria.