Los orígenes de la actual Facultad de Humanidades se remontan al nacimiento de la Licenciatura en Geografía e Historia, cuyo primer ciclo comenzó a impartirse en el curso académico 1977/1978.
El antiguo Colegio Universitario de La Rábida (CUR), adscrito a la Universidad de Sevilla, dio lugar en 1989 a la creación de la Facultad de Ciencias Sociales y Jurídicas, en la que quedaron enmarcadas las licenciaturas en Geografía e Historia, Derecho y Empresariales y la diplomatura en Graduado Social. Estas titulaciones, a las que en el curso 1989/1990 se añade la licenciatura de Filología Inglesa y en 1990/1991 la de Geografía e Historia y las especialidades de la diplomatura de Maestro, pasaron a formar parte de la nueva Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación.
Tras la creación de la Universidad de Huelva en 1993, la Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación fue la primera en trasladarse al Campus de El Carmen, donde comenzó a impartirse la licenciatura en Humanidades y la licenciatura en Historia, que sustituyó a la licenciatura en Geografía e Historia. Posteriormente, la nueva Facultad de Humanidades, surgida de la escisión de la Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación, se fundó en septiembre de 1996. El centro permaneció en las instalaciones de la ahora Facultad de Ciencias de la Educación hasta la inauguración de su sede actual.
A partir de 2005/2006, comienzan los estudios de la licenciatura en Filología Hispánica, que concluye su primera promoción en el curso 2010/2011, coincidiendo con el cambio de las licenciaturas a los grados en Historia, Humanidades, Filología Hispánica y Estudios Ingleses. Esta oferta académica se completó en 2011/2012 con el doble grado en Estudios Ingleses y Filología Hispánica y el grado en Gestión Cultural en el curso 2012/2013.