En esta facultad se encuentra el origen de las protestas del 3 de marzo de 1988 que generaron la fundación de la Universidad de Huelva. En 1972 se creó el Colegio Universitario de La Rábida (CUR), fundado por la Caja Provincial de Ahorros de Huelva con la colaboración de otras entidades y adscrito a la Universidad de Huelva, siendo así el primer centro de enseñanza universitaria superior de la provincia onubense. Para su gestión, se creó un patronato como órgano rector.
En sus inicios, en el CUR, sólo se impartía el primer ciclo de la Licenciatura de Ciencias Económicas y Empresariales, hasta que, en 1976, se incluye también el primer ciclo de la Licenciatura de Geografía e Historia. A partir de 1975 los profesores de la Universidad de Sevilla se desplazaban a Huelva a dar las clases de segundo ciclo (cuarto y quinto). Era una situación que se mantuvo hasta el año 1983, cuando se produce la integración del Colegio en la Universidad de Sevilla, entrando en un periodo de enormes dificultades económicas y académicas en los últimos cursos de Empresariales, Geografía e Historia y Derecho. Esta indefinición provocó las protestas, que fueron el primer paso para la transformación del Colegio Universitario de La Rábida en la Facultad de Ciencias Sociales y Jurídicas.
En el curso 1990/91 se creó la Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación, a la que quedaron adscritos los estudios de Geografía e Historia. Luego, en el curso académico 1996/97, se creó la Facultad de Ciencias Empresariales, tras la segregación de la Facultad de Derecho. Por último, en 2000/2001, se vincula a la Facultad de Ciencias Empresariales la Diplomatura en Turismo, lo que provoca que en 2016 se acuerde el cambio de denominación a la Facultad de Ciencias Empresariales y Turismo. Desde el curso académico 2010/2011, en este centro se imparten los Grados de Administración y Dirección de Empresas (ADE), Finanzas y Contabilidad (FICO) y Turismo (Tur), así como los dobles grados en ADE-FICO y ADE-Turismo.