La Universidad de Huelva, como ente público con personalidad jurídica propia capaz de desarrollar  sus funciones en régimen de autonomía, tiene competencia para elaborar y aprobar sus presupuestos, en los términos del artículo 2.2 de la Ley 6/2001, Orgánica de Universidades.

Así como a través del documento de Cuentas Anuales se rinde cuentas del ejercicio económico ante la propia Universidad, ante la Administración y ante la sociedad.